L'uso di antibiotici durante il primo anno di vita del neonato esercita una forte influenza sul suo microbiota intestinale, con un impatto particolarmente negativo sulla componente bifidobatterica. A causa della loro elevata abbondanza in questo periodo di vita, i bifidobatteri rivestono un ruolo importante nello sviluppo generale del bambino, e c'è motivo di credere che l'alterazione del microbiota intestinale neonatale associata agli antibiotici, e soprattutto all’amoxicillina, possa avere conseguenze a lungo termine sulla salute dell’individuo. Lo studio clinico Antibiotics in early life associate with specific gut microbiota signatures in a prospective longitudinal infant cohort, pubblicato su Pediatric Research del gruppo Nature nel 2020, ha analizzato 163 campioni fecali provenienti da 40 neonati di 2,3 mesi di età media, di cui 22 erano stati trattati con amoxicillina o macrolidi nel followup prudenziale dopo un’infezione da virus sinciziale respiratorio. Un singolo ciclo di amoxicillina o macrolidi ha provocato l'aberrazione del microbiota del neonato caratterizzato dalla variazione dell'abbondanza di bifidobatteri, enterobatteri e clostridi, che è durata diversi mesi.